Uma suposta carta de Clemente da Alexandria (C. 150 D.C.)se refere a uma segunda edição do Evangelho de Marcos, um registro privado, conhecido atualmente como “O Evangelho Secreto de Marcos”. Uma cópia medieval da carta foi descoberta em um monastério Grego Ortodoxo de Mar Saba no deserto da Judéia em 1958 e foi publicada em 1973 (ver O Evangelho Secreto de Marcos, 15-17).

A carta provê uma tradição previamente desconhecida sobre Marcos e suas atividades como escritor. “Marcos, durante a estadia de Pedro em Roma, escreveu um registro dos feitos do Senhor, não declarando, entretanto, todos eles, nem sequer indicando qualquer indício sobre os atos que não deveria ser articulados, mas selecionados aqueles mais úteis para aumentar a fé daqueles que estavam sendo instruídos. Mas quando Pedro morreu como um mártir, Marcos veio para a Alexandria, trazendo tanto os seus registros quanto os de Pedro, dos quais ele transferiu para seu antigo livro as coisas cabíveis para que pudessem levar ao conhecimento (gn?sis). Assim ele compôs um Evangelho mais espiritual para o uso daqueles que estavam se aperfeiçoando. Não obstante, ainda assim ele não divulgou as coisas que não deveriam ser tratadas, nem escreveu um ensinamento hierofântico do Senhor, mas às histórias já escritas ele adicionou outras, (…), levando os ouvintes ao mais íntimo santuário daquela verdade escondida por sete véus. Assim, em suma, ele pré-arranjou os assuntos, sem inveja ou descuido, em minha opinião, e morrendo, ele deixou sua composição para a Igreja em Alexandria, onde até hoje é muito bem guardada, sendo lida apenas por aqueles que são introduzidos aos grandes mistérios”.

Uma segunda passagem, embora extremamente curta, preenche a lacuna bem conhecida em Marcos 10:46, quando Jesus veio para Jericó. Seguindo Marcos 10:46 “Depois, foram para Jericó” e antes de “E, saindo Ele de Jericó” o Evangelho Secreto de Marcos adiciona a seguinte frase” E as irmãs da juventude quem Jesus amava e sua mãe e Salomé estavam lá, e Jesus não as recebeu”. Essa adição interessante inclui uma referência a Salomé, que é mencionada apensas em Marcos (ver Marcos 15:40; 16:1) e em um paralelo à história dos “discípulos amados” em João (ver João 13:23; 19:26; 20:2; 21:7, 20 e 24).

Debate dos estudiosos sobre a validade da declaração da descoberta e a autenticidade da carta em si tem sido, as vezes, ásperas, e existem acusações de fraude – alguns sugerem que o documento é uma fraude antiga e que a pessoa que o descobriu o forjou e fabricou toda a história do descobrimento do documento. Embora alguns estudiosos rejeitem o “Evangelho Secreto”, assim como fazem com todos os outros textos não canônicos, outros debatem sobre a data de postagem do Evangelho Secreto, acreditando que o Evangelho Canônico de Marcos é baseado no Evangelho Secreto. Adicionalmente, interpretações de passagens do Evangelho Secreto preservados na carta de Clemente, também geram debate entre os estudiosos, alguns dos quais proveram interpretações altamente controversas de seus significados. A menos que os estudiosos possam ter acesso ao documento original, muitos acreditam que não é eficiente considerá-lo um texto antigo autentico que provê informações adicionais ao Evangelho de Marcos.